ヘッダーをposition:fixedで固定すると、ページ内リンクで飛んだ先(アンカーリンク)でコンテンツがヘッダーが重なり隠れてしまい、あたかもヘッダーの高さ分のズレが生じている様に見えてしまいます。
ヘッダーの高さ分だけずらすには、cssもしくはjavascriptで調整する方法があります。
※以下、リンク先が#section01、ヘッダーの高さが120pxと仮定します。
CSSの場合
#section01 {
margin-top:-120px;
padding-top:120px;
}
javascriptの場合 ※jQueryを使用
$(function () {
var headerH = 120; //ヘッダーの高さ
$('a[href^=#]').click(function(){
var href= $(this).attr("href");
var target = $(href == "#" || href == "" ? 'html' : href);
var position = target.offset().top-headerH;
$("html, body").animate({scrollTop:position}, 550, "swing");
return false;
});
});
お試しください。

